La geografía en donde se asentó este pueblo es una pequeña hondonada pedregosa, circundada por desérticas colinas de tierras infértiles y bañada por un mar manso y rico en recursos alimenticios. La playa es de arenas gruesas y la bahía esta salpicada de rocas que afloran desde el poco profundo lecho marino. Este complejo arquitectónico, construido con piedra sin mayor acabado, está formado por una zona habitacional con recintos, depósitos, entierros dispersos y terrazas, construidas con la finalidad de contener posibles deslizamientos de las colinas cercanas. Las edificaciones fueron hechas en superficies aplanadas y algunas en los declives y pendientes. Fuera del área de mayor concentración de estructuras se pueden apreciar muros y círculos de piedra y numerosos restos de viviendas rectangulares u ovaladas dispersas, por aquí y allá.

Algo que llama mucho la atención a los turistas es la presencia de numerosas "colcas" o depósitos subterráneos. Su número parece desproporcionado en relación con los cálculos hechos sobre población y áreas cultivables. Están por doquier, su forma asemeja una botella, estrecha cerca a la superficie y ancha hacia abajo. El material de construcción empleado fue la piedra.

Ecología y Subsistencia
La costa peruana es considerada un desierto matizado de oasis, los que, según la clasificación son de tres tipos:

Oasis de aguas freáticas, o puquiales, que son pequeños y grandes manantiales. Como ejemplo están Baños de Boza en Chancay o la Huacachina en Ica.

Oasis fluviales, que son los valles formados en ambas márgenes de los ríos que atraviesan de forma longitudinal la franja costera. Todos los ríos (a excepción del río Santa) nacen en el ramal occidental de la cordillera de los andes, son de corta longitud, torrentosos, poco profundos y estacionales (abundantes en verano y escasos en invierno).

Oasis Nebulogenéticos, que deben su origen a la condensación de la humedad contenida en la neblina, al tocar tierra sobre colinas y cerros bajos próximos al litoral. Posee, además, una flora y fauna propia. En el Perú se le conoce a este fenómeno como Lomas, y se presentan entre los meses de junio a noviembre.

El sitio de Puerto Inca fue construido lejos de cualquier valle (oasis fluviales) pero cerca a una zona de lomas, de donde obtenían recursos de caza y recolección, y frente al mar, donde una amplia gama de peces y mariscos, aseguraba y complementaba la subsistencia. La abundancia de dichos peces atrae a manadas de lobos marinos que forman sus colonias en los acantilados de la playa o en los islotes cercanos al litoral, siendo este un preciado suministro de proteínas y grasas. Como prueba de la importancia del recurso marino en la dieta de los pobladores de Puerto Inca, están los amplios basurales con restos de moluscos, llamados "conchales", los que son muy comunes en las aldeas y ciudades prehispánicas de la costa peruana.

Los frutos del mar aprovechados en este lugar no se limitaron a la pesca y la recolección de mariscos. Un complemento muy importante, según lo anota Trimborn, fue la cosecha de hortalizas marina, que se realiza aún en la actualidad entre los meses de junio a noviembre, del denominado "Kocha yuyu", que es una especie de alga.

Como hemos podido mostrar, los pobladores de Puerto Inca supieron aprovechar de la mejor manera los recursos ofrecidos por la naturaleza, en ese, aparentemente, agresivo paisaje desértico de la costa extremo sur peruana. Frutos y caza menor en las lomas, peces, algas, mariscos y lobos marinos en el mar, agricultura y crianza de animales domésticos (llama y cuy) en tierra, dieron a los pretéritos pobladores de Chala una equilibrada alimentación.